ずっと悩んでいたのが解決したのでメモ。

termuxのdebian(GUI)の方法については割愛しますのでご了承を。

まずfcitx-mozcとfcitxをインストールします。

sudo apt install fcitx-mozc fcitx

その後.bashrcに下記を追記します。

export GTK_IM_MODULE=fcitx
export QT_IM_MODULE=fcitx
export XMODIFIERS=@im=fcitx

その後debianをGUIで立ち上げます。

システム＞設定＞個人的な設定＞自動起動するアプリ

ここで次のコードを入力します。

fcitx-autostart

一度ログアウトして再度termuxのGUIを立ち上げるてCtrl + Spaceで日本語入力できるようになりました。これで一通りのことは出来るかなと思います。